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在抗日救亡运动中，厦大有许多热血志士奔赴抗日前线和后方参加战斗。他们为了民族的生存、国家的独立、人民的解放，抛头颅，洒热血，谱写了可歌可泣的光辉篇章。
抗战胜利后，台湾光复，同时面临着重建政治、经济、文化的繁重任务。大批厦大毕业生满腔热情地赴台参与重建。据统计，1941-1945级厦大毕业生赴台300多人，占毕业生总数35%，并在台湾的交通、电力、电信、水利、教育等行业发挥骨干作用。
抗战烽火中，厦大得到长汀人民的竭诚支持。同时，厦大的内迁，也为长汀注入了强大的发展动力，在抗日救亡、文化教育、社会经济等方面深刻影响长汀，山城面貌焕然一新。
1944年5月，厦门大学校长萨本栋应邀赴美、英访学并讲学。这一时期，细胞生物学家汪德耀代理校长。次年9月，汪德耀正式接任厦大校长。1945年8月15日，日本宣布无条件投降，中国人民抗日战争取得了伟大胜利。喜讯传遍汀州城，长汀人民与厦大师生无不欢呼雀跃。8月下旬，汪德耀校长组织厦大复员委员会，决定当年寒假将厦大由长汀迁回原址。1945年度也被称为“复员年”，学校一切工作以“复员”为中心。
长汀八年，厦大师生在艰苦的环境中顽强奋进。学生勤勉向学，在各项学业竞赛中屡获佳绩，成绩斐然。教师教学认真，获国民政府教育部表彰。国民政府巡视团称“迁至长汀之厦门大学，为粤汉路以东仅存之唯一国立高等学府……已成为国内最完备大学之一”。
全民族抗战爆发后，陈嘉庚领导南洋华侨，冲破传统帮群地域观念，以巨大的人财物力支援祖国抗战。陈嘉庚通过南侨总会号召、招募3200余名华侨机工回国支援抗战，以一公里牺牲一名南侨机工的沉重代价，有力保障了滇缅公路抗战物资的运输。1940年3月，陈嘉庚率领“南洋华侨回国慰劳视察团”，回国慰劳抗日军民，他访问了重庆、西安，并冲破重重阻力，访问延安，得出“中国的希望在延安”的结论。
长汀时期，厦大坚守东南半壁，吸引临近省份的青年纷纷前来就读。除了统一招生和联合招生之外，厦大还接收因战事影响无法回校就读的青年学生。另外，招收转学生、借读生和华侨特别生，收容港沪撤退学生，学生人数逐年攀升，从迁汀之初的198人发展到1945年的1044人。
在1940学年度毕业典礼讲话中，萨本栋校长特别指出：“本校一向对于学生程度之提高，非常注意。在质与量不能兼顾情形之下，对于质的改良，比起量的增加，尤其重视”。在萨校长“宁可放弃量的发展，以谋质的改进”的办学方针指导下，长汀时期，厦大强调基础课与专业课并重、理论学习与专业学习并重，推行引文入理、引理入文、文理渗透，鼓励学生跨系选修课程。厦大教授全力授课，学生勤勉苦学。拆掉发动机的小汽车和当时师生用的煤油灯抗战时期，...
1937年7月1日，厦门大学改归国立，所获国民政府教育部划拨经费总额仅20.3万元，为各国立大学中最少者，每系平均经费额也大大低于其他国立大学。后虽经厦大一再争取，到了改归国立后第四年，国民政府教育部下发给厦大的年度经费额也才25.8万元，而且一再缓拨、克扣，学校各项工作举步维艰。
萨本栋接任厦门大学校长之后，结合自身学科优势，从为抗战服务，以及为抗战胜利后国家建设储备人才出发，在学科建设上，大力发展工科，先后创办土木工程、机电工程和航空工程学系，将理学院扩充为理工学院。同时扩充教育系，复办法科，加强商科。经过院系调整，厦大院系从迁汀之初的文、理、商3学院9学系，发展为返迁厦门时的文、理工、法、商4学院15学系。
