1927年4月,国民党右派在上海发动“四·一二”反革命政变,在广州的反动派也发动了“四·一五”反革命政变,广东、广西党组织遭到严重破坏,白色恐怖笼罩“两广”。当时广西党组织归中共广东省委领导。是年5月,中共广东省委派邓拔奇同廖梦樵到梧州,组建中共广西地方执行委员会,后称中共广西地委。由廖梦樵任书记,邓拔奇任组织部部长、共青团广西地委书记。期间他机智沉着地奔走于广西各地,为广西各地党团组织的恢复重建做了大量工作。由于叛徒出卖,广西党组织再遭严重破坏,地委书记廖梦樵等被捕后惨遭杀害。当时中央在湘鄂粤赣四省发动农民组织秋收暴动,邓拔奇等也发动广西苍梧道4县农民武装举行暴动,给新桂系军阀的“清党”屠杀政策以沉重打击。农民暴动武装攻打桂平县城失败后转入十八山区坚持游击战争。10 月邓拔奇继任中共广西地委书记,成为广西早期中共党组织的领导者。11月26日,广西地委接到中共广东省委指示,迅速发动暴动,牵制新桂系军阀部队入粤,策应广州起义。邓拔奇立即召开地委会议,制定广西冬暴计划。实行土地革命、建立工农兵政权。12月11日广州起义爆发,消息传来,邓拔奇领导的广西农军举行武装暴动,袭击桂系地方武装。翌年1月中旬,暴动失败,40余名共产党员壮烈牺牲。
1928年1月24日,中共广西地委改称特委,邓拔奇任特委书记,抓紧整顿重建广西各地党的组织,训练干部,发展数百名党员,秘密组织农民武装。此时,新桂系军阀正在大举“清乡”,残酷“围剿”共产党领导的工农游击队和农军武装。特委组织与武装再遭破坏,特委常委3人被敌人杀害,1人叛变,仅余邓拔奇一人。
当年6月1日,邓拔奇在贵县主持召开广西特委扩大会议改选特委,广东区委委员恽代英到会指导,邓拔奇作广西党组织工作报告。会议选举朱锡昂为书记,邓拔奇等 6人为常委。会后,邓拔奇前往上海向中央汇报会议情况,并向中央提出建立广西临时省委的经费预算、宣传、安全等问题。
根据中央指示,从 1928 年 9 月起,中共广西特委改为广西临时省委,邓拔奇为省委委员。他积极做好发展党组织工作,培养农民运动骨干,发展广西工农武装。由于叛徒出卖, 11 月 29 日省临委机关遭到破坏。邓拔奇脱险后即回怀集继续开展党的工作,并摆脱敌人追捕转赴香港。12月后到广西玉林同朱锡昂等组成广西临委办事机关继续领导全省革命斗争。