林惠祥不仅在学术上成就颇丰,在人格魅力上也令人敬仰。
抗日战争全面爆发后,他带着一家老小到南洋躲避战乱,虽是生死存亡的时刻,他仍不忘保护多年搜集的珍贵文物,带着它们一起远渡重洋。但紧接着,日本侵略军就又侵占了南洋,因为不想为日本侵略者服务,他放弃了所有教职工作,避居后港务农。在生活极其艰苦,几乎食不果腹的境况下,曾有外国学者要用高价收购他所藏的文物,但他不为金钱名利所动,始终拒绝。
在南洋期间,林惠祥积极提倡、参与捐资筹赈活动,支援祖国的抗日战争。回国任教后,他因积极支持进步学生运动,反对内战,传播进步刊物,掩护进步学生活动,曾被国民党拘捕入狱。幸运的是,不久中国人民解放军解放了厦门,林惠祥方幸免于难。
林惠祥虽出身小康之家,但他生活非常俭朴,经常利用废纸作稿纸,一张纸两面都写得密密麻麻的。为了节约公家开支,他出差从不坐软卧,只坐硬卧;住旅馆也不住大旅社,而住小客店,经常是三四人挤在一间。为了建成人类博物馆,他将多年辛苦搜集,陪他辗转多地的上千件文物标本全部无偿捐献给了厦门大学。在博物馆成立后,他还经常将家中物品拿到馆中供教学使用。此后,他还把自己仅剩的,位于顶澳仔的1幢楼房捐赠给了厦门大学。
1956年10月,此时的林惠祥已经发现自己患有高血压病症,但他仍未停歇,带病继续工作,白天到人类博物馆上班,晚上坚持撰写书稿论文。1958年2月13日晚,林惠祥在伏案工作中突发脑溢血,溘然长逝,享年57岁,他的骨灰安葬于厦大思源谷旁。