藏品是人类历史文化和自然界的宝贵遗存，是国家和民族的科学文化财产， 博物馆对藏品负有科学管理、科学保护、整理研究、公开展出和提供使用（对社会主要是提供藏品资料、研究成果）的责任。

厦门大学人类博物馆藏品门类丰富，时间跨度长，品质精良，在馆藏上具有鲜明的特色。针对馆内文物及陈列品，制定了较为详尽的管理办法，包括《人类博物馆藏品管理办法》《人类博物馆文物修复拓印管理办法》《人类博物馆藏品征集办法》等。人类博物馆共有10间库房,占地面积169.01平方米，其中1间专门用来存放四百余件国家一、二、三级文物，其余已经根据实际存放条件对文物入库做了优化整合，将品类相近、保存条件相近的藏品共放一库，如将档案文书和书法、绘画共放一库。对存放同一库内不同类别的文物，做了详细的文物放置位置登记档案。库房均安装摄像监控系统及排风系统，照明采用普通日光灯光源。

人类博物馆展厅重点文物展柜配备30台温湿度记录仪，配备3台净化除酸型除湿加湿一体机，用于监测重点文物保存环境温湿度，改善文物库房和展厅室内小环境的基本湿度控制条件，配合推广应用被动调控功能材料，可以对文物展柜或储藏柜等微环境进行进一步的平稳调控，使对环境特别敏感的高级别珍贵文物得到长久稳定的保护。为平稳展柜内的湿度，降低展柜内的污染物浓度，保护人类博物馆珍贵文物，在环境监测的基础上，推广应用调湿剂、吸附剂。根据人类博物馆密封性等实际情况，对未做恒湿改造展厅的环境敏感文物配用被动调控材料（调湿剂、吸附剂、杀虫剂）。通过配备温湿度监测仪、全数字紫外线辐照仪、全数字照度计、净化除酸型除湿加湿一体机、调湿剂、有害气体吸附剂、防虫剂等，建设完成“低氧气调杀虫系统”，实现对有机质文物的杀虫、防霉、抑菌作用，延长文物寿命，针对展厅和文物库房中珍贵文物保存环境质量监测与调控，建立比较完善的文物保存环境监测系统，运用多种手段调控文物保存微环境，努力达到“稳定、洁净”的文物保存环境状态。